Istituito nel 1860, il Museo di Zoologia è nella sede attuale dal 1936.
Vi sono conservati materiali provenienti da collezioni del XVI-XVIII secolo (Aldrovandi, Cospi, Marsili) già appartenute al Museo di Storia Naturale dell’Istituto delle Scienze.
Di più recente acquisizione (1815-1860) sono la collezione di vertebrati studiata da Ranzani e le collezioni mozambicane di vertebrati e invertebrati studiati da Bianconi, Bertoloni e altri.
Della prima metà di questo secolo sono la collezione di uccelli italiani di Zaifagnini-Bertocchi, la collezione di coleotteri paleartici raccolta da Fiori e le collezioni di insetti delle isole dell’Egeo e della Libia raccolte da Ghigi.
Notevoli per numero di esemplari e interesse scientifico sono le collezioni entomologica e malacologica in continua espansione.
È, sia come superficie estensiva, sia come collezioni esposte e conservate, uno dei musei zoologici più importanti d’Italia.
Al nucleo originario della raccolta, costituito dalle collezioni di Aldrovandi, Cospi e Marsili si aggiunsero nel corso dell’Ottocento e della prima metà del Novecento nuove acquisizioni.
In anni recenti sono state fortemente incrementate e riordinate le raccolte etnologica e malacologica, fruibili da parte degli studiosi.
Attualmente al piano terra sono esposte le collezioni ornitologiche, i trofei africani ed i diorami.
Al primo piano si trovano le raccolte sistematiche dei più importanti gruppi animali e la collezione Altobello comprendente anfibi, rettili e mammiferi.

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